Descobertas de fosseis de primitivas palmeiras e ossos de mesossauro na região, demonstram a riqueza histórica do município.

A região já era visitada por indígenas há mais de 3.000 anos. Descobertas arqueológicas próximas do centro da cidade revelam como era a vida dos povos que utilizavam a região para caçadas periódicas e colheita de frutos, especialmente o pinhão.

No final de século XVIII houve a abertura de uma picada ligando Desterro, a capital da província, a Lages tornando possível a efetiva colonização – e futura fundação do atual município de Alfredo Wagner.

Em 1853, o Imperador Dom Pedro II fundou a Colônia Militar de Santa Tereza, na atual Vila Catuira, destinada a ser um posto de colonização pela Fundação agrícola e um destacamento militar que servisse de barreira às incursões dos índios, além de um ponto de união entre o litoral e a serra, por estar a meio caminho entre a sede da Província e os campos de Lages.

Em 24 de outubro de 1957, a vila de Barracão é elevada à condição de Distrito. Emancipa-se de Bom Retiro em 29 de dezembro de 1961, com o topônimo Alfredo Wagner. Situa-se na região do alto Vale do Itajaí e abriga a nascente mais alta de toda a bacia do Rio Itajaí, localizada no cume do Monte Lajeado, a 1.752m do nível do mar.

Em 2004, Alfredo Wagner recebeu o título de Capital Catarinense das Nascentes, através de Lei Estadual.